Tim ja Pikku-Pomo eli hänen pikkuveljensä Ted ovat kasvaneet aikuisiksi ja ajautuneet erilleen. Tim on mennyt naimisiin ja ryhtynyt koti-isäksi. Ted puolestaan työskentelee johtajana rahoitusalalla. Pian heidät tuo yhteen uusi pomo, jolla on täysin uudenlainen näkemys ja reipas asenne… sekä ideoita kokonaan uuteen perhebisnekseen.
Tim ja hänen vaimonsa Carol, joka tuo leivän perheen pöytään, asuvat lähiössä lahjakkaan 7-vuotiaan tyttärensä Tabitan ja suloisen uuden vauvansa Tinan kanssa. Tabitha, joka on luokkansa priimus, ihailee Ted-setäänsä ja haluaa olla isona kuin hän. Tim, jolla on edelleen yhtä vilkas mielikuvitus kuin lapsena, on Tabithasta huolissaan. Hän pelkää että tyttö keskittyy liikaa kouluun eikä muista nauttia lapsuudestaan.
Eräänä päivänä Tina-vauva paljastaa olevansa BabyCorpin salainen agentti (yllätys!), tehtävänään paljastaa Tabithan koulun perustajan, salaperäisen tohtori Erwin Armstrongin synkkä salaisuus. Alkaa uusi seikkailu, joka saa veljekset Timin ja Tedin löytämään toisensa uudelleen ja antaa heille aihetta pohtia, mikä elämässä on oikeasti tärkeää.
The Boss Baby: Perhebisnes jatkaa DreamWorks Animationin Oscar®-ehdokkuuden saaneen komedian The Boss Baby tarinaa.
